南昌市卫生和计划生育委员会内设20个处室。办公室、组织人事处、规划与信息处、财务与审计处、政策法规与宣传处、疾病预防控制处、卫生应急办公室、医政医管处（体改办）、基层卫生管理处、妇幼健康服务处、综合监督处、计划生育基层指导处、流动人口计划生育服务管理处、计划生育家庭发展处、科技教育处、血吸虫病地方病防治处（市人民政府血吸虫病地方病防治领导小组办公室）、中医药处（市中医药管理局）、行政审批服务处、机关党总支、监察室。

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