中国科学院南京分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在江苏地区的研究所，协助做好各单位领导干部队伍建设，指导属地研究所党建、纪检和监察工作，负责江苏、江西两省的院地合作和中科院院士联络。1950年中国科学院接管原中央研究院在南京的科研单位，成立中国科学院华东办事处。1978年11月，经批准建立中国科学院南京分院。南京分院系统现有九家法人研究机构，包括：紫金山天文台、南京地质古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、国家天文台南京天文光学技术研究所、中科院南京天文仪器有限公司、苏州纳米技术与纳米仿生研究所、苏州生物医学工程技术研究所，江苏省中国科学院植物研究所。南京分院系统拥有国家重点实验室3个、国家工程实验室2个、部委综合实验室1个，中科院重点实验室11个（含筹）。建有野外工作台站15个，其中国家重点台站4个。

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