北京交通大学交通运输学院下设运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、城市轨道交通系以及系统工程与控制研究所、系统科学研究所。学院先后组建了：北京交通大学综合交通研究中心、北京交通大学铁路危险货物运输研究实验室、交通运输国家级教学示范中心、“城市交通复杂系统理论与技术”教育部重点实验室，作为学校重点教学科研试验基地“轨道交通控制与安全”国家级重点实验室的主要团队均为学院的骨干力量；另外学院还设有交通运输智能技术与系统实验室、电子商务实验室等教学科研实践基地。目前北京交通大学交通运输学院在聘教职员工为148人，有博士学位的教师为113人，占专任教师总数的75.8%。

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