安徽医科大学前身是创办于1926年5月的上海东南医学院。1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省，成为安徽省第一所高等医科院校。1952 年改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。

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